1975年8月淮河发生特大洪水，导致板桥、石漫滩两座大型水库垮坝，造成了巨大损失。原因是多方面的，其中之一是水文基础研究不能满足水文工作需要。为加快发展水文科学事业，1977年水利电力部决定成立水利电力部南京水文研究所。随着70年代末到80年代初我国水资源问题的日趋突出，在全球也逐渐成为热点问题，为适应经济建设和改革开放的需要，拓宽研究领域，1985年水利电力部批准将南京水文研究所更名为南京水文水资源研究所，以便有效地开展与水文、水资源有关的基础研究、应用基础研究、应用技术研究等方面的科研工作。1986年在水利部对科研单位分类时，将该所定为社会公益型研究所。
    经过近30年来的发展，经过几代水文水资源科学研究工作者的共同努力，水文水资源研究所长期服务于国家水安全战略需要，研究内容覆盖了水文水资源学科的广泛领域，为防御水旱灾害和水资源可持续利用提供水科学依据。在科学研究方面取得了令人瞩目的成就，对发展水科学基础理论和技术进步发挥了重要作用,为我国的水利事业做出了显著的贡献。至2007年5月，获得国家级科技进步奖15项，部省级科技进步奖50余项；出版专著译著50多部，发表论文 900多篇；编制国家和行业标准20多个。与世界气象组织(WMO) 、联合国教科文组织 (UNESCO)、国际水文科学协会 (IAHS) 、国际标准化组织 (ISO) 、国际原子能机构 (IAEA)和 联合国开发计划署(UNDP) 等国际组织建立了广泛的学术业务联系，主编的《水科学进展》双月刊，被《EI》网络版和《CA》收录，并多次获得“百种中国杰出学术期刊”称号。自成立至今，水文水资源研究的发展进程可划分为三个阶段：
        第一阶段：南京水文研究所时期 （1977.10—1985.02）
        第二阶段：南京水文水资源研究所时期 （1985.02—2001.12）
        第三阶段：南京水利科学研究院水文水资源研究所时期（2002.01—）
一、    南京水文研究所时期（1977.10—1985.02）
    水利电力部关于建立水利电力部南京水文研究所的决定中指出“为了适应防汛抗旱与水利和水电建设需要，已商得江苏省革命委员会同意，我部决定在南京华东水利学院建立水文研究所,定名为水利电力部南京水文研究所”。并明确“该所由我部与江苏省双重领导，以我部为主，请华东水利学院代管”。水利部 80年下达《对南京水文所级别、机构编制及申请用地问题的批复》中明确南京水文所为地师级单位。单位地址为南京市西康路1号华东水利学院内。
    1、职能
    水利电力部文件还明确“该所的任务是密切结合全国水文工作中关键的问题开展水文科研工作，解决当前生产建设中的重大技术问题，同时要加强水文基础理论的研究，尽快使科研走在生产建设的前面。根据需要和发展，逐步地、有计划地向水文科学各个领域开展工作”。
    2、机构设置
    1977年，该所党的基层组织为党支部。另设10个处室：暴雨及干旱研究室、洪水计算研究室、规划及管理研究室、水资源研究室、水文实验研究室、电子计算机应用研究室、滁州实验基地、情报资料室（科级）及办公室、业务处。
    1983年12月，经批准成立党总支。行政部门为4个研究室，即第一研究室（研究洪水、暴雨、水文统计等）、第二研究室（研究水资源、规划管理、干旱等）、第三研究室（研究水文测验）和第四研究室（研究水文实验、遥感、都市水文、不稳定流、水文仪器等）；1个滁州水文实验基地；3个职能部门，即办公室（含人事、财务）、业务处和党总支办公室。
    3、编制与人员
    1978年水利电力部和江苏省革命委员会联合发文同意该所编制由30人增为80人，规定人员在1980年前配齐。
    1980年水利部又发文明确：为了加强我国水文科学研究事业，加强国际水文科技合作与交流，编制暂定为150人，至1985年逐步达到。
    4、领导人任免
    1977年11月任命严恺兼任所长（水利电力部〔77〕政字214号）；1982年1月,因严恺领导工作繁忙，水利部同意他不再兼任所长，改由刘晓群代理兼任所长（水利部〔82〕水技字23号）。
    1983年12月，任命吴正平为所长（水利电力部〔83〕水电党字462号），刘晓群不再代理兼任所长职务。
    1977年严恺任党支部书记。1980年3月水利部为减轻严恺的负担，水利部〔80〕水干字第53号文，改由周 迈担任该所党支部书记。1982年9月，周 迈离职休养。〔83〕水电党字462号任命谭长耀为党总支书记。
    5、主要科研成果
    这一时期，该所承担的科研项目基本上是纵向和基金课题，包括国家“六五”科技攻关项目、国家自然科学基金项目、国际合作项目、国家和部委的重大重点基础研究项目以及流域机构和各省市委托项目。结合全国水文工作的关键问题,加强水文基础理论研究,完成了200多个科研项目，取得了一批高质量的科研成果。
    在水文基础研究方面，《中国年最大一、六小时点雨量均值变差系数等值线图》、《中国大陆上空水汽输送研究》、《全国暴雨径流查算图表》《水文频率计算中参数估算方法的统计试验研究》等科研成果获国家级（1项）和省部级（3项）科技进步奖。
    在水资源研究等方面，《中国水资源初步评价》、《淮河水资源评价》、《江苏省沿海岸带海涂资源综合考察及综合开发利用—沿海陆地水文、水资源分析与评价》、《四川电力系统水电群水库优化调度研究》、《应用动态规划法绘制水库最优发电调度图》等科研成果获国家级（2项）和省部级（3项）科技进步奖。
二、    南京水文水资源研究所时期（1985.02—2001.12）
    1985年水利电力部 《关于南京水文研究所更改名称的批复》中,同意将南京水文研究所更名为南京水文水资源研究所。1985年9月-1996年9月，该所党组织关系由河海大学党委代管。1996年9月，江苏省成立科技工会后，经水利部党组同意，该所党组织隶属关系划归江苏省科技工会管理。2000年5月，江苏省委机构改革时江苏省科技工会被撤消，该所党组织隶属关系从2000年9月起转归江苏省委省级机关工委领导。这一时期，水利部南京水文水资源研究所拓宽了研究领域，扩大了业务范围，在科技体制改革的推动下，各项工作有了较快发展。单位地址仍设在南京市西康路1号河海大学（原华东水利学院）内。
    1、职能及任务
    承担水文、水资源、水环境方面宏观规划、评价、配置、管理、保护等方面的研究，为国家制订国民经济和社会发展战略服务；
   承担国家重大水工程建设、水规划编制和水管理运行中与水文、水资源和水环境有关的重大技术课题；
   发展水文、水资源和水环境科学中的基础理论和先进技术，为生产实际提供理论和技术支持；
   培养水文、水资源和水环境科学领域的高级科技人才；
   承担流域和地区性的水文、水资源、水环境等方面的科研和生产任务；
   提供有关水文、水资源、水环境等方面的资料、信息，促进上述领域国内外的科技合作与交流。
    2、内设机构
    根据1987年水电部劳资司《关于核定部直属科研单位机构、编制的通知》精神，该所报送了《南京水文水资源研究所定编方案》（以下简称方案），《方案》中明确：该所内设3个处级机构，即:办公室、业务处（1990年2月更名为科技处）、 人教处（撤消总支办公室和人事科）。设一个直属科，即财务科。下属科研机构在原有5个研究室（1986年经水利部科技司同意建立了第五研究室）和1个滁州实验基地的基础上，增设科技情报研究室。1988年水利部核定该所内部机构限额为11个；1990年增设《水科学进展》编辑部 和监察审计室，1996年增设水文水资源培训中心 ，该所内设机构增加到了14个科处室。因科技情报研究室未作为独立的科室成立，作为三级机构挂靠科技处，该所内设二级机构为13个，即办公室、科技处、人教处、监审室、财务科、第一研究室、第二研究室、第三研究室、第四研究室、第五研究室、滁州实验基地、《水科学进展》编辑部和南京水文水资源培训中心。上述机构除财务科为正科级外，其余均为正处级。
    3、编制
    1988年水利电力部《关于核定部直属科研单位机构、编制等有关问题的通知》中，核定该所至1989年末人员编制数为172人。1994年水利部《关于核定水利部南京水文水资源研究所人员编制的通知》中，重新核定该所事业编制170人，经费实行差额补贴。
    4、领导人任免
    1985年2月，吴正平继任所长，1993年7月到达退休年龄后不再担任所长职务。
    1987年12月，党总支书记谭长耀离休，吴正平兼任此职（河海（87）委字第75号），至1994年9月退休。
    1993年7月，任命宋德敦为所长（水利部水任〔1993〕52号）。2001年11月宋德敦因到达退休年龄不再担任所长职务（水利部部任〔2001〕52号）。1994年12月宋德敦兼任党总支书记（河海委发（1994）77号）,至2001年12月党组织关系转入南科院。
    5、主要科研成果
    这一时期，该所承担的科研项目仍以纵向和基金课题为主，主要包括国家自然科学基金项目、国家杰出青年基金项目、国家“六五”、“七五”、“八五”、“九五”、“十五”科技攻关项目、国际科技合作项目、科技部社会公益性专项、国家和部委的重大重点科研项目以及流域机构和各省市委托项目。在水文、水资源、水环境、新技术应用等方面完成了300多个科研项目，取得了更多高质量的科研成果。
    在水文基础研究方面，《中国历史大洪水调查与研究分析》、《流域产流计算数学模型》、《中国暴雨特性及设计雨型的研究》、《长江防洪系统研究》、《中国水旱灾害》、《水文循环的大气过程》、《长江防洪系统联合调度运用模型研究》、《地貌单位线在站网规划中的应用》、《长江流域1935年7月上旬特大暴雨调查分析报告》、《梯级水库下游洪水概况分布的计算方法》、《无人水文站测报技术研究-STD总线能用数据采集系统》等科研成果获得国家（5项）和省部级（7项）科技进步奖。
    在水资源研究方面，《中国水资源利用》、《北京市水资源系统分析及其数学模型的研究》、《长江三峡库区土地承载能力研究(含水土植物资源调查与评价)》、《全国水中长期供求计划》、《石羊河流域水资源承载能力与可持续发展研究》、《汾河流域上游多库水沙联合优化调度及汾河三库方案优选研究》、《气候变化对水文水资源的影响适应对策研究》、《全国主要缺水城市供水水源规划》、《江西水火电系统实时优化调度研究》、《太原市水资源系统供水规划及调度优化研究》等科研成果获国家级（4项）和省部级（6项）科技进步奖。
    在水环境研究方面，《六大流域入河排污口调查成果研究报告》、《水质站网布设合理性研究》、《苏州水网城市暴雨径流污染的研究》、《中国河流水化学特征和评价》等4项科研成果获省部级科技进步奖。
    在新技术应用等方面，《应用遥感技术调查我国水土流失现状 编制全国土壤侵蚀图》、《河口海岸泥沙数学模型研究》等科研成果获得国家（1项）和省部级（1项）科技进步奖。
    出版了《中国水旱灾害》、《中国水资源评价》、《中国可持续发展战略研究》、《中国历史大洪水》上、下卷、《中国大洪水-灾害性洪水述要》、《地表水径流过程的数学模拟》、《水文循环的大气过程》、《长江防洪系统实时调度研究》、《中国洪水及干旱年鉴》、《优化技术在防洪中应用》、《水文调查指南》、《21世纪中国水供求》、《中国南水北调》、《跨流域调水运行管理》、《水资源系统分析指南》、《区域水资源供需分析方法》、《城市发展与水资源》、《城市水管理模型与应用》、《区域水资源分析方法》、《厦门市水资源合理配置与对策研究》、《计算浅水动力学》（中英文版）、《水电站水库调度与运行管理》、《实用水利经济与管理词典》；以及《CATALOGUE OF RIVERS FOR SOUTHEAST ASIA AND THE PACIFIC－Volume I、 II、III、IV、V》（中国河流部分内容）等专著和译著。
    编制和参与编制了《水利水电工程设计洪水计算规范》、《水文普通测量规范》、《水文测验规范》、《水文基本术语和符号标准》、《水文巡测规范》、《水文调查规范》、《降水量观测规范》、《明渠水流测量》（ISO标准手册）、《水利水电工程设计洪水计算手册》（产流与汇流）、《河流水情观测规范》、《乡镇供水工程设计规范》、《水资源评价导则》、《水工建筑物测流规范》等国家和行业标准。
    编制和参与编制了《全国地下水资源开发利用规划》、《全国节水规划纲要》、《南水北调节水规划要点》、《城市供水规划与水价预测》、《北方地区水资源总体规划》、《广东省雷州半岛水资源规划》、《太湖流域水资源综合规划》和《国家防汛抗旱指挥系统工程总体设计（可行性研究）》等。
三、南京水利科学研究院水文水资源研究所时期 （2002.01—）
    2001年6月，在深化科研机构管理体制改革中，经水利部研究决定，水利部南京水文水资源研究所成建制并入南京水利科学研究院，对外仍可继续使用水利部南京水文水资源研究所的名称。（水利部水人教[2001]253号）。2002年1月，成立南京水利科学研究院水文水资源研究所。
    这一时期，水文水资源研究所深化了科研体制管理改革，原水利部南京水文水资源研究所管理人员原则上对口对岗进入院相应职能部门，保留了一支完整精干高效的科研队伍。该所的各项工作平稳有序，科研工作稳步发展。单位地址变更为南京市广州路223号。
    1、职能及任务
    开展水文、水资源、水环境的基本规律和基础理论研究，水环境演变及对策研究，包括水环境评价、保护、承载能力、生态恢复技术、水资源与环境调控技术等；为国家制订国民经济和社会发展战略提供水文、水资源和水环境方面的决策依据；
    开展水文、水资源、水环境的应用方法和技术研究，解决国家重大水工程建设、规划编制和管理运行中与水文水资源和水环境有关的重大关键问题；
    开展水资源宏观战略研究，包括水资源评价、开发利用、综合规划、优化配置、政策、法规等；水资源可持续利用的技术规范、评价准则和与此相关的社会、经济、环境、资源等理论、方法及战略研究；
    开展水文、水资源与水环境领域关键技术的开发与应用，特别是计算机、GIS、RS、GPS等综合性技术在水文预报、防洪减灾、水资源规划与管理、水环境治理与保护等方面的模型、系统开发与应用，建立具有中国特色和自主知识产权的水文、水资源和水环境应用系统；
    培养水文、水资源、水环境、水生态研究领域的高级科技人才。
     2、内设机构
    该所内设6个研究室，即水文基础理论研究室、防洪减灾战略研究室、水资源可持续利用研究室、水资源配置与管理研究室、水环境与水生态研究室和水利信息化研究室，以及《水科学进展》编辑部。
    该所是水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水利部水科学与水工程重点实验室和水利部水文水资源工程技术研究中心的主要技术支撑单位。是水利部颁发的首批水文水资源调查评价和建设项目水资源论证甲级资质单位。
     3、人员
    现有在职职工51人，其中教授级高工11人，高级工程师25人。该所拥有水文学及水资源学科硕士、博士学位点和博士后流动站，现有博士生导师6名。
    4、领导人任免
    2002年1月，刘 恒兼任所长（院人（2002）4号），2003年9月刘 恒不再兼任所长职务（院人（2003）146号）。
    2003年9月，陈敏建任所长（院人（2003）146号），2006年9月陈敏建因工作变动，不再担任所长职务（院人（2006）132号）。
    2002年1月，陆善萍任党支部书记（院水党（2002）06号）。
    5、主要科研成果
    这一时期，该所承担的科研项目以纵向和基金课题为主，主要有国家自然科学基金项目、国家杰出青年基金、国家“十五”科技攻关、国家“十一五”科技支撑计划、973项目、863项目、科技部社会公益性专项、水利部创新项目、水利部948项目、国际合作项目、水利部重大基础研究项目以及流域机构和各省市委托项目。在水文、水资源、水环境、新技术应用等方面完成了110多个科研项目，继续获得了一批高质量的科研成果。
    在水文基础研究方面，《防汛抗旱水文气象综合业务系统》、《中国暴雨统计参数图集》、《气候异常对我国水资源水分循环影响的评估模型研究》、《南京市防洪减灾地理信息系统研制报告》等科研成果获得国家（2项）和省部级（2项）科技进步奖。
    在水资源研究方面，《全国地下水开发利用规划研究》、《澜仓江-湄公河流域综合开发和协调的信息管理与决策支持系统建设》、《国际河流水资源多目标协同开发和管理研究》、《苏北地区水资源配置监控调度系统工程可行性研究》、《澜沧江流域水资源与GIS研究》、《万家寨引黄工程太原供水区地下水合理利用与调控研究》等6项科研成果获省部级科技进步奖。
    出版了《中国暴雨》、《中国暴雨统计参数图集》、《中国历史大洪水调查资料汇编》、《水文学手册》（译著）、《全国节水规划纲要及其研究》、《Strategic Study for Water Management in China》、《21世纪初期中国地下水资源开发利用》、《西北地区水资源与生态环境评价》、《中国水利百科全书－水文水资源分册》、《北方乡镇工业用水研究》、《优化技术在水利水电中的应用》、《莱茵河—治理保护与国际合作》、《地下水库建设》等专著。
    编制和参与编制了《节水型产品技术条件与管理导则》、《节水型企业评价导则》、《降水量观测规范》、《全国节水规划纲要》、《建设项目水资源论证导则》等国家和行业标准。
    编制和参与编制了《中国防洪规划》、《全国水资源综合规划》、《全国节水规划》《北京市节约用水规划》、《深圳市水务信息化‘十五’规划》、《太原市水资源综合规划》、《全国城市饮用水水源地安全保障规划》、《张家港市节水型社会建设规划》、《泉州市“十一五”水资源开发利用和节约保护规划》、《上海市节约用水规划》、《石狮市水资源开发利用和节约保护规划》、《晋江市水资源开发利用和节约保护规划》和《国家防汛抗旱指挥系统一期工程初步设计》等。
    参与水利法制建设—《中华人民共和国水法》修订，完成的成果包括赴美国、加拿大、英国、法国考察报告；编写了《中华人民共和国水法》学习材料、《中华人民共和国水法》（修订）资料汇编（含专题研究报告）等。参加水利部《建设项目水资源论证管理办法》的制订工作等。